Bonjour,
pour bien comprendre les notions de qualité de l'eau il faut savoir a quoi ils correspondent, et ce qu'ils impliquent, dans un premier temps. Dans un second temps, il faut un matériel minimal pour effectuer des mesures régulières de la qualitée de l'eau. Les systèmes de bandelettes sont très bien pour débuter. On peu les compléter par des systèmes de mesure par gouttes qui sont plus précis, mais plus cher.
Ensuite, au delà de l'aspect "mesures", il faut savoir qu'un aquarium est un fragile biotope (ou écosystème)  qu'occupent les poissons, mais aussi tout un tas de bonne et de mauvaises bactéries.
Pour que cette équilibre soit plus stable, il est indispensable d'avoir une filtration adéquate, quelques plantes, un éclairage, et le cas échéant, un chauffage.
Tout ça, c'était pour la mise en bouche.
Maintenant, pour répondre à tes questions, si tu as un flitre, et que tu as mis l'eau directement, sans l'arrêter, oui ça a probablement détruit une bonne partie des bactéries "saines".
Ce qu'il faut savoir, c'est que le matériel de filtration sert de support de vie (maison) à ces bactéries. Bien sûr, le sable et le relief interne de l'aquarium aussi, mais elles seront moins "utiles". En effet, l'eau circule au travers du matériel de filtration, procurant de façon beaucoup plus efficace, les nutriments de l'eau à ces bonnes bactéries, ce qui n'est pas le cas pour celles qui se trouvent sur les autres éléments de l'aquarium.

L'ajout de bonnes bactéries, dans ton cas, est une bonne idée. Il faudra le faire sur le matériel de filtration de ton filtre (et si tu n'as pas de filtre, procures en toi un adapté au volume de ton aquarium et aux poissons qu'il y a dedans).

Bonjour,

Ou alors, as-tu mis du substrat sous le gravier ?
Bien rincé le gravier avant la mise en eau ?